基础医学实验中心成立于2003年6月。中心成立后将原基础医学实验室重组成机能实验室、形态实实验室及生化与细胞生物学实验室三个综合性的实验室，并结合专业培养目标对实验室进行系统改造，在学院的全力支持下，中心逐渐发展成为具有高度现代化的综合性实验中心。中心现有实验、辅助用房77间，总建筑面积14772平方米，仪器设备614台（件），拥有数码互动系统、生物信号采集处理系统、PCR、酶标仪、蛋白纯化系统等先进设备，中心规模和装备已达到国内同类院校的先进水平。

        基础医学实验中心下属实验室的职能是：1. 负责实验室的日常管理及教学准备等工作；2.根据中心下达的教学任务，编制设备、材料、计划、教学经费计划等；3. 实验室根据本所承担的教学、科研任务及专业发展的方向，负责制定本实验室的发展规划。三个实验室包含的学科和开设的主要课程分别为：（一）形态实验室包含人体解剖学、组织胚胎学和病理学三个学科的教学实验室，开设《形态学实验》课程；（二）机能实验室包含人体生理学、病理生理学和药理学三个学科（医学心理学）的教学实验室，开设《机能学实验》课程；（三）生化与细胞生物学实验室包含化学、生物化学、微生物学、免疫学、人体寄生虫学、临床检验等六个学科教学实验室，开设《生化与免病基础实验》课程。医学基础实验中心同时承担学校各系与上述学科有关的实验教学任务，针对口腔专业承接口腔病解的实验教学，针对检验专业承接分子生物学技术、生化检验、微生物检验、临床检验等十余门专业课程的实验教学，年教学二十余万人时数。同时中心加强制度建设，逐渐形成具自身特色的管理体系，中心现已制定了工作人员职责、教学管理规范、设备管理使用制度、经费使用及材料领用制度及安全卫生管理制度等。完善的管理制度保证了先进的实验设施能得到充分地发挥其功效。